19 апреля ФСБ сообщило о том, что Азимов задержан в поселке Московский на территории Новой Москвы, а при обыске у мужчины якобы была найдена боевая граната. Впоследствии медики киргизской больницы опровергли эту информацию, сообщив, что 15 апреля сотрудники Государственного комитета национальной безопасности (ГКНБ) Киргизии вывезли из больницы подозреваемого.
Главврач частной клиники «Хосият» Зина Каримова рассказала, что врачи диагностировали Азимову гайморит и оперативно провели операцию. В тот же день в медучреждение приехали трое сотрудников ГКНБ Киргизии и забрали подозреваемого из больницы.
20 апреля стало официально известно, что Акрам Азимов арестован до 3 июня по статьям 205 и 222 УК РФ — совершение теракта и незаконный оборот оружия. Следствие полагает, что Азимов подделывал документы для членов террористической организации и переводил деньги на счет исполнителю теракта Акбаржону Джалилову.