Также экс-глава Курской области обвиняется в особо крупном мошенничестве при строительстве фортификационных сооружений на границе с Украиной. По этому эпизоду Смирнов признал вину и сотрудничает со следствием.
По версии следователей ущерб бюджету в результате мошеннических действий фигурантов дела и растраты превысил 1 млрд руб. (эти средства были выделены для строительства фортификационных сооружений). По предварительным данным, Смирнов и его бывший заместитель Алексей Дедов руководили участниками организованной группы и совместно с руководством акционерного общества "Корпорация развития Курской области" организовали хищение.
Смирнов и Дедов были задержаны в апреле 2025 года сотрудниками полиции и ФСБ и этапированы в Москву. Впоследствии их арестовали по делу о мошенничестве в особо крупном размере. Ранее по этому же делу были арестованы трое руководителей "Корпорации развития Курской области", а также представители подрядных организаций. Все они подозреваются в участии в хищении бюджетных средств.
Алексей Смирнов работал губернатором Курской области с 16 сентября по 5 декабря 2024 года (врио губернатора – с 12 мая 2024 года). 5 декабря 2024 года он досрочно сложил свои полномочия. Временно исполняющим обязанности руководителя региона был назначен глава думского комитета по информационной политике Александр Хинштейн.