В документе уточняется, что проведение обыска без решения суда ограничивает конституционное право россиян на неприкосновенность жилища, однако в некоторых случаях оно может быть допущено. В частности, речь идет об обстоятельствах, не терпящих отлагательств, которые "могут привести к совершению тяжкого или особо тяжкого преступления". Кроме того, причиной таких обысков может быть получение информации "о событиях и действиях (бездействии), создающих угрозу государственной, военной" и другим видам безопасности РФ.
Решение об обыске будет выноситься на основании мотивированного постановления, подписанного одним из руководителей органа безопасности. Тем не менее ФСБ обязана будет уведомить суд об обысках в течение суток. Сотрудники ФСБ также могут провести обыски без постановления, однако об этом должен быть проинформирован уполномоченный руководитель.
Помимо этого, новая инструкция позволяет изымать подозрительные документы, материалы и предметы с занесением соответствующих данных в протокол.
