Согласно замыслу МЭР, расходы можно сократить на 3,5 млрд рублей, до 677,7 млрд рублей. Для этого предлагается исключить из ФЦП 300 млн рублей, предусмотренных в 2016 году на реконструкцию воздушного движения и радиотехническое обеспечение полетов, а также расходы на банковское сопровождение при осуществлении строительного контроля и технического надзора и расходы на «строительство многофункционального мелкосидящего буксира-спасателя 2,5–3 МВт».
Ведомство также считает целесообразным перераспределить 226,48 млн рублей, предназначенных для строительства транспортного перехода через Керченский пролив, на расселение жилых домов в Керчи, попадающих в зону строительства данного транспортного перехода.