Начальником штаба, первым заместителем командующего назначен вице-адмирал Игорь Мухаметшин. Обязанности заместителя командующего по материально-техническому обеспечению будет выполнять генерал-майор Илгар Кахраманов.
29 июня командующий Балтийским флотом Виктор Кравчук и начальник штаба флота Сергей Попов были Позднее стало известно, что Шойгу представил к увольнению 50 высокопоставленных офицеров Балтийского флота.