Муратов умер в ночь на 8 февраля в возрасте 83 лет от длительной болезни. Он был членом Академии российского телевидения, членом Академии кинематографистов «Ника» и членом Союза кинематографистов.
Муратов олицетворял собой качественное, лучшее советское телевидение, заявил президент Международной академии телевидения и радио, глава Общественного телевидения России Анатолий Лысенко. «То, что Сергей Муратов придумал, — КВН — в какой-то степени стало уникальным общественным движением, школой, выпускники которой всегда с гордостью говорили о том, что они играли в КВН», — сказал он.
По словам Лысенко, студенты Муратова «просто боготворили его, потому что те знания, которые он давал, будучи профессором МГУ, они бесценны».