В материалах расследования дела об убийстве политика содержатся показания его помощницы в Ярославской области. По ее словам, осенью 2014 года Немцов получил в соцсетях два комментария, авторы которых грозили с ним расправиться. Он подал заявление о возбуждении дела в правоохранительные органы Ярославской области, однако там материалы переправили участковому, а тот вынес постановление об отказе в возбуждении дела.
Немцов был застрелен 27 февраля на Большом Москворецком мосту в Москве. По факту убийства было возбуждено уголовное дело, с санкции Басманного суда арестованы пять его фигурантов: предполагаемые исполнители Заур Дадаев, Анзор Губашев и их предполагаемые пособники Хамзат Бахаев, Шадид Губашев и Темирлан Эскерханов.
Родные убитого, по сообщениям СМИ, полагают, что заказчик преступления, также как и исполнители, мог быть из Чечни.
29 января 2016 года Следственный комитет официально объявил о завершении расследования этого дела.
