На работу в «Коммерсантъ» Ковальский пришел в 1990 году, через девять лет возглавил журнал «Коммерсантъ-власть» и проработал в должности до 2012 года. Он уволился после того, как в издании появилось фото избирательного бюллетеня с нецензурной надписью о Путине. Этот факт главный акционер ИД «Коммерсантъ» Алишер Усманов охарактеризовал как «хулиганство».
На работу в этот же издательский дом Ковальский вернулся в 2013 году, заняв пост креативного директора, сообщает РБК.