По версии следствия, с которой согласился суд, Амиров выступил организатором ряда преступлений. В частности, речь идет о покушении в декабре 2011 года на дагестанского следователя Арсена Гаджибекова, убийство которого, как предполагается, Амиров заказал банде, которую возглавлял помощник прокурора Кизляра Магомед Абдулгалимов. Кроме того, экс-мэра обвиняли в организации обстрела торгового комплекса «Москва» в Каспийске. В ночь на 3 апреля 2011 года по зданию выстрелили из огнемета, после чего начался пожар. В результате никто не пострадал, но комплексу был причинен ущерб на 1,7 млрд рублей. По версии обвинения, таким образом Амиров пытался установить контроль над Каспийском и ввести в администрацию города своего племянника Юсупа Джапарова.
Саид Амиров был задержан в результате спецоперации ФСБ в 2013 году прямо на рабочем месте и на глазах изумленных жителей Махачкалы на военном вертолете этапирован в Москву.
Сам экс-мэр в ходе судебных слушаний отвергал все обвинения, называя следствие по своему делу «странным и фантастическим». «Сначала все свидетели не знают, кто мог совершить данные преступления, и у кого мог быть мотив, - заявил он судье. - После моего задержания свидетели начинают что-то вспоминать - и только то, что нужно следователям в отношении меня и Джапарова. Тут же после задержания просыпаются потерпевшие, которые начинают предполагать, что я и Джапаров могли совершить данные преступления, хотя ранее об этом даже не догадывались». Свое уголовное преследование Амиров объясняет желанием недругов убрать его с политической арены.
Вместе с Амировым на скамье подсудимых также оказались еще семь человек, всем им были предъявлены обвинения в «покушении на убийство», «посягательство на жизнь сотрудников правоохранительных органов», «участии в незаконном вооруженном формировании», «бандитизме», «терроризме» и «незаконном обороте оружия». Племянник Амирова Джапаров получил 18 лет колонии строгого режима, остальные — от 10 до 22 лет лишения свободы. Все восприняли приговор спокойно, никто вину не признал.
Перед оглашением приговора у здания Северо-Кавказского окружного военного суда были усилены меры безопасности - дежурили бронеавтомобиль «Тигр», бронированный «КамАЗ», пожарная машина и около 15 полицейских.
Для Амирова и Джапарова это уже второй приговор. В 2014 году тот же Северо-Кавказский окружной военный суд признал их виновными в подготовке покушения на руководителя отделения Пенсионного фонда Дагестана Сагида Муртазалиева. По версии следствия, Амиров планировал сбить самолет Муртазалиева из переносного зенитно-ракетного комплекса. Тогда экс-мэра приговорили к 10 годам лишения свободы, его племянника — к 8 годам и 6 месяцам колонии.
Амиров руководил Махачкалой 15 лет - с 1998 по 2013 год. В 1993 году на него было совершено покушение, в результате которого он был частично парализован и оказался прикованным к инвалидному креслу. В 1998 году в Махачкале противники Амирова подорвали микроавтобус с 200 кг взрывчатки, припаркованный напротив его дома. Сам он тогда не пострадал, но погибли 18 человек, более 100 получили ранения, было разрушено 29 домов. Всего на Амирова было совершено 15 покушений. Противники Амирова, в свою очередь, не раз заявляли о его причастности ко многим преступлениям, включая убийства и теракты.
