Омский суд установил, что в 2009-2011 годах Шишов внес в финансовые документы «Мостовика» сведения о выполнении контрагентами строительно-монтажных работ на объектах в разных регионах и отразил их в составе налоговых вычетов. На самом же деле все работы «Мостовик» выполнил самостоятельно или с помощью других привлеченных организаций. В итоге Шишов уклонился от уплаты НДС более чем на 478 млн рублей. Следствие также выяснило, что при строительстве окружной дороги Омска он похитил аванс в размере 526 млн рублей.

Судья принял во внимание, что в марте​Фрунзенский суд Владивостока приговорил Шишова к трем годам лишения свободы и штрафу в 300 тысяч рублей за пособничество в растрате 1 млрд рублей при строительстве Приморского океанариума.

Омский суд назначил ему два года четыре месяца по эпизоду с уклонением от налогов и год и десять месяцев — по эпизоду с мошенничеством. В совокупности экс-глава «Мостовика» получил три года лишения свободы. К этому сроку был добавлен приговор Владивостокского суда, и в итоге Шишов проведет в исправительной колонии четыре года.