В обновленном уставе ЭПЦ утверждена самостоятельность в церковно-административных, хозяйственных, просветительских и гражданских делах. Также название изменено на "Эстонская православная церковь", как это было закреплено томосом патриарха Алексия II.

Собор поддержал действия синода ЭПЦ в переговорах с эстонскими властями. В церкви выразили уверенность в возможности разрешения раскола среди православных в стране на основе каноничности и взаимного уважения.

ЭПЦ МП получила право самоуправления в 1920 году по томосу патриарха Тихона, что было подтверждено патриархом Алексием II в 1993 году. В Эстонии также действует Эстонская апостольская православная церковь (ЭАПЦ), созданная в 1923 году Константинопольским патриархатом и восстановленная в 1996 году. Эстония остается частью канонической территории РПЦ.