Правительства двух стран подписали соглашение о сотрудничестве и помощи в таможенных делах в Москве 8 июня 1999 года. Стороны договорились оказывать друг другу содействие в предотвращении и расследовании нарушений таможенного законодательства, принимать меры по оказанию помощи друг другу в области исследования, разработки и испытания новых таможенных процедур, обучения кадров и обмена специалистами.

В документе также было прописано, что таможенные службы двух стран принимают по взаимному согласованию необходимые меры по упрощению таможенного оформления. Это делается, чтобы облегчить и ускорить перемещение пассажиров и грузов между территориями двух государств.

В январе этого года Россия понизила уровень дипломатических отношений с Эстонией. МИД РФ вызвал к себе эстонского посла, заявил ему решительный протест из-за действий Таллина и обязал покинуть страну. Во внешнеполитическом ведомстве отметили, что руководство Эстонии в последние годы целенаправленно разрушает весь комплекс отношений с Россией. В ранг государственной политики возведены тотальная русофобия и культивирование враждебности в отношении РФ, заявили в российском МИД.