Маленченко сочетался браком с уроженкой России Екатериной Дмитриевой, имеющей гражданство США, в 2003 году.
Их свадьба впервые в истории состоялась в космосе. Невеста находилась в Центре управления полетами в Хьюстоне (штат Техас, США), жених — на борту Международной космической станции. От имени Маленченко документы подписал американский юрист.

Как рассказал один из собеседников агентства, против кандидатуры Маленченко высказались в службе безопасности Роскосмоса, потому что должность первого замначальника ЦПК подразумевает допуск к конфиденциальным данным. Информацию подтвердили ещё два источника, отмечает агентство.

При этом на сайте ЦПК указано, что Маленченко уже занимает должность первого заместителя, однако на самом деле он находится на посту советника начальника ЦПК.

Ранее госкорпорация «Роскосмос» опубликовала на своем сайте рассекреченные документы о начале исследования Луны. Среди них представлены докладные записки руководителей профильных НИИ Минобороны СССР, в которых указано, какими должны быть космические аппараты, расчеты характеристик ракет, возможной траектории полета, постановления ЦК КПСС о начале работ над созданием лунных аппаратов, а также другие расчеты элементов космической системы.